Le troisième chapitre est celui qui a relevé le plafond. L’équipe de Meke Mwase a décroché sa place pour la CAN 2021 au Cameroun lors de la dernière journée des éliminatoires, en battant l’Ouganda 1–0 à Lilongwe sur un but de Richard Mbulu, alors qu’un match nul aurait qualifié l’Ouganda. En phase finale, désormais sous la direction de Mario Marinica, Gabadinho Mhango a marqué deux fois pour battre le Zimbabwe 2–1, le Malawi a tenu en échec le Sénégal — futur champion — sur un score nul et vierge, et la troisième place du groupe l’a propulsé pour la première fois dans la phase à élimination directe.
En huitièmes de finale à Yaoundé, Mhango a donné l’avantage au Malawi contre le Maroc dès la septième minute, avant que le Maroc ne renverse la situation pour s’imposer 2–1. Ses trois buts au Cameroun restent un record pour un joueur malawite en phase finale. Les Flames ont manqué les deux éditions suivantes, terminant troisièmes de leur groupe éliminatoire pour 2023 et derniers pour 2025.
Kalisto Pasuwa, le Zimbabwéen qui a dirigé les Flames pour la première fois en novembre 2024, a déclaré publiquement que son poste dépendait d’une qualification pour l’Afrique de l’Est. Sa liste de 31 joueurs pour la première fenêtre compte six nouveaux appelés et 19 joueurs évoluant à l’étranger. Dans le groupe B, le Malawi affronte l’Égypte, l’Angola et le Soudan du Sud, avec deux places qualificatives en jeu ; la campagne débute contre le Soudan du Sud au Bingu National Stadium de Lilongwe le 25 septembre, avant un déplacement en Angola le 6 octobre.