Puis vint une absence de 39 ans. L’Ouganda est revenu lors de la CAN 2017 au Gabon comme meilleur deuxième des éliminatoires, à égalité de points avec le Burkina Faso, vainqueur du groupe, et le but de Farouk Miya contre le Mali a été le premier du pays en phase finale depuis 1978. Deux ans plus tard en Égypte, Patrick Kaddu et Emmanuel Okwi ont offert aux Cranes une victoire 2–0 sur la RD Congo, leur premier succès en phase finale depuis 41 ans, avant qu’un but de Sadio Mané pour le Sénégal ne mette fin à leur parcours en huitièmes de finale.
Paul Put, le Belge qui avait mené le Burkina Faso en finale en 2013, a de nouveau qualifié l’Ouganda pour la CAN 2025 au Maroc. Les Cranes ont été éliminés en phase de groupes avec un point, obtenu lors d’un nul 1–1 contre la Tanzanie, première confrontation entre les deux voisins en phase finale.
La prochaine CAN vient à eux. En septembre 2023, la CAF a désigné l’Ouganda, le Kenya et la Tanzanie coorganisateurs de la CAN 2027, la première édition organisée par trois pays, et la place de l’Ouganda est déjà assurée. Dans le groupe H des éliminatoires, face à la Tunisie, à la Libye et au Botswana, seul le mieux classé des trois autres se qualifie ; les Cranes débutent en Tunisie le 24 septembre 2026 et reçoivent la Libye le 29.