Quatorze phases finales depuis ses débuts en 1970 lui ont valu cinq quarts de finale, tous depuis 2004. La Guinée de Pascal Feindouno et Kaba Diawara a remporté ses trois matchs de groupe en Égypte en 2006 avant de s’incliner 3–2 en quart de finale face au Sénégal ; en 2012, elle a battu le Botswana 6–1, toujours sa plus large victoire en phase finale, sans pour autant sortir de son groupe.
La CAN 2023 en Côte d’Ivoire a apporté le cinquième quart de finale, arraché grâce au but de Mohamed Bayo à la huitième minute du temps additionnel contre la Guinée équatoriale ; la RD Congo s’est imposée 3–1 en quart de finale. La Guinée a ensuite manqué la CAN 2025 au Maroc, troisième de son groupe derrière la RD Congo et la Tanzanie malgré six buts de Serhou Guirassy en éliminatoires.
Pour le groupe de Paulo Duarte, la route est plus étroite que pour la plupart. Le Kenya, coorganisateur de la phase finale 2027, figure dans le groupe D et est qualifié d’office : seul le mieux classé entre la Guinée, l’Afrique du Sud et l’Érythrée le rejoindra. La campagne débute face à l’Afrique du Sud à Johannesbourg le 26 septembre, et le Kenya se rendra à Conakry le 1er octobre.