En Égypte, ils ont fait match nul 2–2 avec la Guinée, Anicet Abel inscrivant de la tête le premier but de l’île en phase finale, ont battu le Burundi grâce à Marco Ilaimaharitra, puis le Nigeria 2–0 à Alexandrie pour remporter le groupe B. Classés 108e au monde, 63 places derrière les Super Eagles, ils ont poursuivi leur route : 2–2 contre la RD Congo en huitièmes de finale et quatre tirs au but réussis sur quatre lors de la séance, avant que la Tunisie ne mette fin à l’aventure 3–0 en quarts de finale.
Ils ne sont plus revenus depuis, même si les joueurs malgaches évoluant au pays ont atteint la finale du CHAN 2024 à Nairobi. Corentin Martins, en poste depuis janvier 2025, compte toujours dans son groupe deux quarts de finalistes de 2019 : Ilaimaharitra et Thomas Fontaine.
Le tirage au sort a remis le Nigeria sur la route des Barea. Madagascar entame le groupe L à Uyo le 25 septembre 2026, puis affronte la Tanzanie, coorganisatrice, à Meknès, au Maroc, quatre jours plus tard. La Tanzanie étant déjà qualifiée, seul le mieux classé parmi le Nigeria, Madagascar et la Guinée-Bissau la rejoindra.