Le deuxième âge d’or est arrivé avec le nouveau siècle. Le groupe de Pierre Lechantre a remporté le titre 2000 face au Nigeria, coorganisateur, aux tirs au but après une finale à 2–2, avec un jeune Samuel Eto’o meilleur buteur de l’équipe à égalité, avec quatre buts. Les Lions de Winfried Schäfer l’ont ensuite conservé au Mali en 2002 sans encaisser le moindre but en six matchs, en battant le Sénégal aux tirs au but en finale. Eto’o n’allait plus cesser de marquer, au fil de six phases finales, jusqu’à devenir le meilleur buteur de l’histoire de la compétition.
La troisième génération s’est imposée au Gabon en 2017. Menée par l’Égypte en finale, l’équipe d’Hugo Broos a égalisé par Nicolas Nkoulou avant de l’emporter à deux minutes de la fin grâce à Vincent Aboubakar — le cinquième titre du Cameroun, qui reste le deuxième palmarès derrière les sept sacres de l’Égypte. Cinq ans plus tard, Aboubakar était le capitaine du pays hôte lors de la CAN 2021 au Cameroun : il y a marqué huit buts et mené une remontée de trois buts contre le Burkina Faso pour décrocher la troisième place à Yaoundé.
Sous la direction de David Pagou, nommé trois semaines avant le tournoi, le Cameroun a atteint les quarts de finale de la CAN 2025 au Maroc avant de tomber face au pays hôte. La route vers l’Afrique de l’Est passe désormais par le groupe G, face aux Comores, à la Namibie et au Congo, avec deux places qualificatives en jeu et un effectif en plein renouvellement de génération.